Sydney Bristow croit travailler pour une division secrète de la CIA : le SD-6, caché sous les traits d'une banque. Mais lorsqu'elle révéle à son fiancé qu'il va se marier à une espionne, celui ci est assassiné. Elle apprend alors qu'en réalité le SD-6 fait partie d'un réseau terroriste.
Sydney décide d'aller raconter son histoire à la vraie CIA et leur propose de devenir agent double pour démanteler le SD-6. La CIA est d'accord et son contact sera l'agent Michael Vaughn. Ce dernier lui révèle qu'elle sera l'un des deux agents double infiltrés au SD-6, le deuxième étant ... son père !
Par la suite, elle apprend que sa mère qu'elle croyait morte dans un accident de voiture depuis 20 ans est en vie et qu'elle avait été engagée par le KGB pour epouser un agent de la CIA et construire une vie avec lui afin d'obtenir des informations.
Arvin Sloane, le directeur du SD-6 collectionne les objets inventés par un visionnaire du XVeme siecle : Milo Rambaldi. Les missions de Sydney au SD-6 consistent la plupart du temps à rechercher ces objets cachés à différents endroits du globe, pour cela elle s'invente des personnages afin de passer inapercue lors de ses missions. En retrouvant le manuscrit de Rambaldi elle découvre sur l'une des pages un portrait lui ressemblant qui l'annonce comme l'elue. La femme dessinée, ayant les mêmes caractéristiques physiques que Sydney (fréquence cardiaque, séquence ADN, et taille du coeur) accomplira la prophétie : elle sera celle qui mettra à jour les travaux de Rambaldi.
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